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納豆菌は、土を良くしたり、作物の育ちを助けたりする働きがありますが、使いすぎると土の中の菌のバランスが崩れてしまうことがあるため、適切な頻度と方法で使うことが大切です。
実際に、定期的に納豆菌液を散布することで作物の生育が良好になり、結果的にアブラムシの被害が減少したという実例も報告されています。
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納豆菌は日本において安全性が確かめられている菌です。微生物がもたらす「発酵」と「腐敗」の定義も、微生物によってもたらされた生成物が、人に益があるか害があるかの違いですから、納豆菌は益のある微生物として評価されているのです。バチルス属は非常に生育力の強い微生物である上、カビなどの糸状菌を抑える働きがあります。そのため古くから農作物の病害対策や生育のために利用されてきました。
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堆肥（たいひ）: 牛糞、鶏糞、バーク堆肥など。 納豆菌と堆肥を一緒に使うと、堆肥の中の有機物が分解されやすくなり、栄養たっぷりの土になります。
納豆菌が害虫対策に役立つと耳にすることがありますが、実際のところ、納豆菌自体にはアブラムシを直接殺す成分はありません。
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腐葉土: 落ち葉を発酵させて作ったもの。 納豆菌と腐葉土を合わせると、土がさらにふかふかになり、空気や水が通りやすくなります。
ただし、組み合わせによっては注意が必要なものもあるので、説明します。
納豆菌の働きによって、土の粒がくっつきやすくなり、「団粒構造」と呼ばれる、水はけや通気性の良い土の構造が作られます。
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